Los primeros pobladores de este municipio fueron hombres y mujeres del Paleolítico, época de la que se han hallado vestigios tales como hachas y otros objetos líticos. Los estudiosos creen que podrían haber habitado unas cuevas cercanas al núcleo actual, como la gruta del Sislillo o la que existe próxima al paraje llamado Albina Rivera.
Se han encontrado igualmente restos correspondientes a la cultura romana, de lo que se deduce un asentamiento latino en la zona.
Sin embargo, el primer antecedente de la actual villa parece encontrarse en un lugar denominado El Jaral, que hoy pertenece al término de Pruna. Probablemente se trató de un núcleo de carácter militar de los siglos XIII o XIV, dada su cercanía a la banda morisca, ubicada entre los reinos cristianos y el musulmán. La villa es finalmente conquistada por las tropas castellanas de Fernando III el Santo a mediados del siglo XIII. Un hecho fundamental para esta localidad y para el resto de la comarca fue la concesión, por parte de Felipe II, del Ducado de Osuna a don Pedro de Girón, V conde de Ureña, en 1562. Así, bajo el señorío de esta casa nobiliaria, se erige la parroquia del pueblo, en un primer momento dependiente de la Colegiata de Osuna, y más tarde con plena independencia. Tras la Guerra de la Independencia surge un movimiento en Villanueva de San Juan, como en muchas otras aldeas y pedanías españolas, que pretende la autonomía administrativa del Ayuntamiento de Osuna. En 1834 los vecinos se dirigen por escrito al Subdelegado de Fomento de la Provincia, solicitando la separación. Así, una vez resueltos los trámites oportunos, en 1835 se forma el primer Ayuntamiento de Villanueva de San Juan.
CÓMO LLEGAR -Situación: A 94 kilómetros de Sevilla por la A-92, la SE-458 y la A-360. -Extensión: 35 kilómetros2. -Habitantes: 1.632.
NO SE PIERDA -La iglesia parroquial de San Juan Bautista.
Edificios religiosos
-Iglesia Parroquial de San Juan Bautista Este edificio, el más interesante arquitectónicamente del pueblo, se puede datar, teniendo en cuenta su planta, en el siglo XVIII, a pesar de las reformas sufridas en los siglos posteriores. Consta de tres naves separadas por pilares achaflanados de sección rectangular, que soportan arcos de medio punto. La capilla mayor se cubre con bóveda vaída. La portada principal se sitúa a los pies de la nave central y es de factura sencilla. Sobre el lado izquierdo se erige la torre, formada por un cuerpo y campanario, en el que se abren cuatro vanos de medio punto, rematado por una veleta. Todas las imágenes que se conservan en el templo son modernas, salvo la pieza más antigua y única que se pudo salvar de la Guerra Civil procedente de la desamortización de una iglesia de Osuna. Se trata de un relieve que representa a San Pablo Miki, del XVIII, santo japonés que fue martirizado en su país hace varios siglos. El altar mayor está ocupado por una talla del Cristo del Perdón, flanqueado por dos pequeñas imágenes de Santa Rita y Santa Teresita del Niño Jesús. En la cabecera de la nave izquierda se abre una hornacina que alberga la imagen de candelero de la patrona, la Virgen del Rosario (1952), obra del alcalareño Manuel Pineda Calderón, quien se inspiró en el prototipo de la mujer andaluza, de tez y cabello oscuros. Probablemente el patronazgo de esta advocación se deba a la influencia de los frailes dominicos, pues entre los religiosos que desempeñaron funciones ministeriales en el XVIII en la villa se encontraron algunos miembros de esta Orden. A la misma nave se abre una capilla, donde aparece la escultura del patrón, San Juan Bautista. En la nave derecha encontramos un retablo-hornacina neogótico dedicado a la Inmaculada Concepción. A los pies se ubica otra imagen de Pineda Calderón, una Virgen de los Dolores de los años cincuenta.
La Semana Santa El Domingo del Huerto El Jueves Santo se inician los tradicionales desfiles procesionales con la salida de la Virgen de los Dolores y el Cautivo, continuando el Viernes Santo con la Virgen de los Dolores y el Cristo de la Buena Muerte, también conocido como del Perdón o de la Sangre. El día grande es, sin embargo, el Domingo de Resurrección, cuando se celebra el popular Domingo del Huerto. Para ello, la víspera se adorna todo el pueblo con ramas de eucalipto, que se colocan en las ventanas y en las calles formando arcos. Además, se representa una huerta ante la iglesia, donde no faltan hortalizas, como cebollas, ajos o lechugas. La jornada festiva comienza con la procesión de la patrona, la Virgen del Rosario, portada en andas por las mujeres de Villanueva. Posteriormente, todos se reúnen en el huerto de la iglesia donde tienen lugar una subasta, a beneficio de la Hermandad, de animales donados por los vecinos, de las hortalizas colocadas en el huerto y del hornazo, una exquisita torta típica de la localidad. El fin de fiesta llega con la quema del Judas, una figura de paja que representa a este personaje.